Bei der EISL werden der Ausführungsgang der Drüse mit Hilfe eines 2-mm-Endoskops untersucht und der Stein dargestellt. Über einen Arbeitskanal des Endoskops wird eine Ultraschallsonde an den Stein geführt und dieser mit 5 bis maximal 200 Stosswellen zertrümmert. Die Bruchstücke des Steins werden über den Drüsenausführungsgang mit einer Natriumchloridlösung in die Mundhöhle ausgespült. Dies wird endoskopisch kontrolliert. Der Stein muss im Bereich des Ausführungsganges der betroffenen Drüse liegen. Dieses Verfahren ist nur unter Narkose möglich. Die in den Drüsen selbst auftretenden Steine sind mit dieser Methode wegen der geknickten Gangsysteme praktisch unerreichbar. Das Verfahren ist nur akzeptabel, wenn das Lasersystem ein Steinerkennungsmuster bereithält, da unbeabsichtigte Gangverletzungen zu bleibenden narbigen Abflussbehinderungen führen können.